崇祯十年，六月初，中都凤阳，皇城奉天殿中。
“殿下，我部已经修整完毕了，屯田兵那些小崽子也按部就班的操练了，我们何时出去打流寇啊？”
“是啊，殿下，我第二旅也已经修整完毕，将士们都嚷嚷着要去打仗赚军功呢！”
大殿中，天武军各将汇报着各部的情况。
大军南下走了将近一个月路程，朱慈烺从三月初就让天武军开始修整，边修整边轮流领着新招募的屯田兵操练，如今过了两个月了，将士们早就闲得蛋疼了。
朱慈烺笑道：“我知道你们闲，可本宫也没办法，目前流寇大部兵力躲在霍山和英山一带，你们想打也找不到啊，本宫已经派杨其礼领龙骧夜不收入霍山侦查了，等龙骧夜不收摸清了霍山的情况并画出进山的路线后，天武军再直入霍山，将流寇全部剿灭！”
黄得功叫道：“这帮瘪犊子，就知道躲起来，还没鞑子痛快呢！”
朱慈烺道：“你们若是想打仗，也不是没有，凤阳府、庐州府、太平府等各地还分散着小股流寇，本宫会重新安排各部驻地，到时候给你们的任务就是清除各府境内所有流寇！”
“是！”众将兴奋着领命。
第二天，从皇城中传出了皇太子重新部署南直隶和湖广各地兵力的令旨：
天武军皇家第一旅驻扎六安州，第二旅驻扎凤阳城，第三旅守太平府、杨御蕃领两万凤阳守军移驻庐州府、史可法领军守安庆府、池州府、张国维守应天府。
左良玉部驻九江府，防御宿松、太湖一带；刘良佐部驻武昌府，防御黄石、大冶一带，各部围绕霍山和英山，将流寇困死在山上，让他们吃土！
黄得功领皇家第一旅开始对霍山周围的一些小股流寇和匪寨进行清剿，周遇吉的皇家第三旅则是部分驻守在江南军器总局和铁厂周围，剩下部分散出去，对太平府境内的流贼和匪寨进行围剿。
朱慈烺又将凤阳府、庐州府和太平府以户为单位编组，十户为一甲，设甲长一名，十甲为一里，设里长，其实就是将大明的里甲制翻新实施了，大明中后期，逃亡民户越来越多，里甲制崩坏，名存实亡。
朱慈烺在安定民户后，参照宋朝的保甲制，重新丰富了里甲制，以连坐方式，一家通贼，其余九家要举报，若不举报，十家连坐！这样既可以有效地对基层实行治理，又可以揪出隐藏在人群中的流贼耳目。
朱慈烺又颁下令旨，凤阳府各城池中设环卫部门，定期清理城中垃圾，环卫部下设巡逻兵，每日巡逻城中各街道，遇到随便大小便、乱扔东西、吐痰的人，罚款十文钱，罚金由巡逻兵自己分赃。
环境卫生脏乱是瘟疫爆发的重要根源，历史上大明崇祯十六年京师大瘟疫，全城十室九空，阖门死绝，每天有上万棺材抬出城安葬，甚至连棺材都买不到了，整个京师几乎变成一座空城。
现在凤阳各地城中垃圾遍地，沟渠被堵，以往官府没钱淘浚治理，久而久之尽成藏污纳垢之地，秽气触人，到了夏天时，到处蝇蚋不绝，虐痢瘟疫横生，极其容易产生瘟疫。