崇祯十四年七月十日，完全病愈的朱慈烺结束南巡，从宁波府乘坐龙舟经过上海回到了南京。
回到南京的第一件事，朱慈烺便下旨开上海、宁波、台州、温州四地为第一批商埠，并派出使臣前往南洋告知尼德兰联省共和国（荷兰）、西班牙、葡萄牙等国总督。
朱慈烺允许这些洋鬼子与大明正式通商、互派使臣建立大使馆，主要想收回洋鬼子在大明国土的据点。
十五世纪和十六世纪，随着地理大发现，世界进入海权时代，欧洲新兴的海权国家纷纷往亚洲拓展势力。
天启四年（1624年），荷兰东印度公司为建立与中国、日本贸易的据点侵入台湾（明朝官方称台湾为东番），在台湾南部修筑热兰遮城和普罗民遮城进为殖民统治。
西班牙则是在台湾北部建立据点进行殖民，葡萄牙向大明租赁了澳门，每年交租并遵守大明的律法，还算老实。
这些地方朱慈烺肯定都会收回，现在通过经济谈判进行磋商，如果他们还不知好歹，只能武力收复了。
这些欧洲殖民者以公司的名义进行殖民，主要是为了赚钱赚黄金，料罗湾海战后，在海上赶大车的荷兰人讨不到好处，只能向郑芝龙低头，通过交钱购买郑家旗号进行贸易，所有的货物都是经过郑家这个中介来买。
一旦大明再开放几个商埠，直接与他们做生意，朱慈烺相信洋鬼子们会感兴趣的。
为了更好的促进海贸发展，朱慈烺废除了民间建造大帆船的禁令，让民间商人积极造船远洋贸易。
明朝中后期，朝廷禁令松懈，加上海上贸易越来越发达，林凤、汪直、徐海这些亦盗亦商的海上势力根本就无视朝廷的禁令，海禁名存实亡。
与其让这些商人冒充海盗扰乱东南沿海，还不如给他们名义进行正规贸易。
为了保护沿海商埠，朱慈烺正式成立大明皇家海军，陆续调集南直隶、浙江各海防卫所的战船，将所有八百料以上的大型战船集中在一起，每艘战船上布置六门十八磅红夷大炮，十门十二磅红夷大炮，六门六磅炮，这吨位最多能布置这么多了。
其他几百料的小船全部装备几门六炮红夷大炮，其他在长江和沿海作为海警船，稽捕海盗和水匪。
南直隶最大的是南京操江水师，原本是魏国公徐弘基掌管，徐弘基被处死后，朱慈烺便让怀远侯常延龄掌管，曾从上海上运粮支援辽东的沈廷扬任副手。
从南直隶和浙江的所有水师中，勉强能凑够十艘八百料以上的战船，所装备的红夷大炮都是从太平府重炮厂所造的重型红夷大炮。
早在崇祯十年，朱慈烺就考虑建立海军，早早的设立重炮厂并采用铁模法造炮，专门为海军建造十八磅以上的大口径火炮。
朱慈烺在大明皇家海军下设立了靖海舰队，由南直隶和浙江水师组成，基地设在浙江舟山。
舟山背靠宁波府与上海县两地，其形如舟揖，地理位置优越，水深浪平，是不可多得的深水良港，后世的东海舰队基地就设立在那。
海军最关建的造船技术，朱慈烺接连在浙江舟山、南直隶太仓、太平府三处港口建立了三座大型造船厂建造战舰，船坞都在万吨级。
朱慈烺又下令重金招募江南各省造船工匠，明朝中后期，随着海禁的名存实亡，一些私人造船作坊发展了起来，他们无视朝廷禁令制造两桅以上的大船，在明末时期，民间的造船业反到要比官方更发达，这些人才要是不用简直是天理不容！