在东瀛如此混乱的时候，华夏三皇五帝时期早已过去，人间仙气盈满，无数人类修炼而成仙，仙道大盛，此时人仙二界强盛，妖魔二界不敢轻掠其锋。而后仙气逐渐衰竭，封于仙界之内，人间盈满灵气，此时仙界逐渐式微，无力管辖人间。
日照大神派出使者，在地上界结交华夏，两者永结盟好，同时深受华夏道门影响，阴阳师之术开始流传开来，在东瀛形成极其深远的影响。而武士也在搏杀之中出现，两者为了争夺东瀛的统治权开始了无休无止的流血牺牲。
妖魔二界恢复元气之后便开始了对于人间的侵略，日照大神与华夏联手，各类武士与阴阳师前赴后继倒下，但寡不敌众，无数妖兵侵入华夏屠杀。
而东瀛因为实力弱小，遭到毁灭打击，至高神不忍心见到东瀛火种尽灭，便开放了高天原的一角，为阴阳师界，来收纳这些阴阳师和流散的武士进入避难，休养生息。
同时华夏人族也在此时开始崛起，无数强大修士弃仙气而修灵气，成就无上法力，展开第一次人魔之战，魔界败退，从此不敢为祸人间。
明朝时期，国师刘伯温持剑断天桥，引发东瀛的天浮桥震塌，从此天人永隔，龙脉震断，人族衰微。
魔界趁机伙同妖族再次为祸人间，开启第二次人魔之战，人界又涌出一批强大修士，历经数载终将魔族逼退。而此时，阴阳师界经过数百年的发展，已然壮大，出力甚巨，帮助华夏抵抗魔军。
明朝正德年间，魔界野心膨胀，妄图霸占三界，先攻冥界，先后击败十殿阎罗、五方鬼帝，又进攻黄泉界，黄泉界和冥界震动，边界断裂，无数鬼怪涌向人间，天下大乱。天帝震怒，派出十万仙兵围剿妖魔二界，至高神派出数神抵抗魔军。
而因魔界对冥界的地藏菩萨出手，佛界也对魔界宣战，人界也随同出征妖界，高天原诸位大神也出手相助，终于人仙合力，妖界实力大损，从此再无力为祸人间。魔界在佛、人、仙、冥四界合力围剿之下，也是伤亡极其惨重，但人类亦付出了惨痛的代价，同时高天原也遭到了毁灭性打击，隐世再不出，无人知晓。
经此旷古一战之后，妖魔二界一蹶不振，华夏的修炼界也遭到几乎毁灭性的打击，很难恢复元气，后来逐渐退出了人类视线。但这并不代表修炼界已经消失。在现代社会，还是有许多的修炼门派，只不过极为隐蔽罢了。而在东瀛，阴阳师大多隐居在阴阳师界，武士衰微，剑宗也随同撤往阴阳师界，一片萎靡之时，忍者这种生存能力极强的修炼者开始涌现。
明末清初，人间灾祸不断，天地大势变化，妖气魔气逐渐消失，仅剩下妖魔边界的幽冥之泉还存有妖魔之气，妖魔二族为本族免遭灭族之危而争夺幽冥之泉，大打出手，因此遭来险些灭族的横祸。当时仙界已经准备出兵，可惜域外邪魔入侵，导致仙族被迫住手。