正是因为如此，自然就会造成新明同地方土族的冲突。虽说新明自落脚以来，为了控制这些地区，新明所采取的政策还是比较温和的，至少不像西方国家那样对当地的印地安部落进行大规模驱赶、屠杀和清洗，而是用怀柔和刀剑并用的方式，同时大明人和当地土族无论从肤色还是有容貌近似的优势。
但就算这样，当为了生存空间进行扩张的同时，新明那边和地方部落展开了冲突，这种冲突一开始并不大，可随着来到新明的移民不断增多，大明扩张速度加快，这些冲突也越发激烈起来。
仅仅三个月，新明和地方部落的冲突大小加起来就近百次，导致了明军和新移民伤亡持续上升。为了确保扩张和移民的安全，潘梦园决定在围绕几个移民的重点区域建立新城，这就是镇远城、定远城和平夷城的由来。
除了这三城的建立，潘梦园派出军队对控制区域及外围的印地安势力进行清剿，一连驱逐和剿灭了大小二十多个部落，死在明军手中的印地安人已超过万数，至于那些被迫背井离乡，怀着怨恨和怒火离开这片土地的印地安人数量更多。
对于这点，朱怡成也只能无声地感慨。历史的推动无论是初衷如何，都会带来残酷的经过。就算是相比西方国家血腥手段要温和许多的大明同样也是如此，征服者获得的鲜花和掌声往往是建立在被征服者的血泪和尸体之上的。
但为了新明的发展，朱怡成又不得不这么做，这可以说是历史的选择，也是历史给出的答案。
不过相比之下，大明并没有赶尽杀绝，在带来战争和死亡的同时，大明还是不断吸收愿意成为大明子民的印地安人归化。除了最初几个投靠大明和被征服的印地安部落外，在扩张的同时同样也有好几个印地安部落为之屈服。
对于这些印地安部落，大明采取了历来的政策，也就是针对新明驯服土族的策略。从文字到语言，从衣冠到习惯，灌输着汉文化，使其融入其中。除此之外，对于那些表面上屈服，但骨子里却依旧企图反抗的印地安人，大明也毫不留情会举起屠刀，甚至还建立了残酷的连坐制度。
自然，这些印地安人只要真心诚意地归顺大明，大明也不会亏待他们。除了文化的灌输外，大明还会教授给他们许多谋生的技能和先进的各项知识，并给予部分土地。在户籍方面虽然归化者户籍和正式大明子民稍有区别，但只要二代归化者得到新明政府的认可，归化者户籍就能转为正式大明户籍，而到那时候就可以成为真正的大明人。更不用说直接通过通婚后取得大明户籍的印地安女子了，这样一来也使得那些被大明政府的印度安部落中嫁女者屡屡不绝。
同时考虑到人口因素和所面临的其他问题，新明还发布了印地安青壮加入明军服役，只要服役满十年并能说流利汉语，或为大明战死者就能获得自己或家人的正式大明户籍的命令，这也在一定情况下缓解了新明在面临移民数量不断增长的情况下兵力不足的困惑。
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