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和斯坦因不通汉语不同，F国探险家伯希和是个汉学家，他是传教士以外，西方汉学界中罕有的能讲流利京城话的学者。
1906年，伯希和带队开始中亚考察，并在柱州图木舒克发掘了大量的雕塑、壁画、陶器和杂物、雕刻品或版画，之后又于次年抵达库车，发现了库车绿洲西缘惟一的一处佛教大遗址群，又大肆发掘了八个月，发现了用婆罗米文书写的久已失传语言的文件。
1907年10月，伯希和的队伍抵达了乌市，在这里，他第一次听说了敦煌莫高窟发现了藏经洞，并且获得了一卷藏经洞写本。
在看到这卷写本之后，伯希和当即意识到，这是八世纪的珍贵文物。他立刻取消了从乌市向西北方向前进的原订计划，立即赶赴敦煌。
在斯坦因离开敦煌大半年之后，1908年2月，伯希和的队伍抵达了敦煌莫高窟。
来到莫高窟后，伯希和一边开始对所有洞窟进行编号、测量、拍照和抄录各种文字题记，一边和王道士进行交涉，他一口流利的的汉语很快就博得了王道士的好感。
“道长，我是个汉学家，需要对藏经洞的经卷和文献进行一下梳理。”
伯希和面对着王道士侃侃而谈，他看着对方的眼睛，一脸诚恳地说道，“这样的石窟，是保护不了这些经卷、文献的，要么重建，要么换一个地方，让真正懂得它们的人去保管它们。”
王道士自从无意间发现了藏经洞之后，心里面一直都希望官府能够出面来保管藏经洞里面的这些经卷、写本，然而除了一个汪县令曾经来到藏经洞和自己一起检点、封存了里面的经卷、写本之外，再没有引起任何官员的重视，这让他感到很失望。
可藏经洞是他发现的，他又做不到撒手不管，如今听到这洋人说，石窟破败，无法好好保存这些经卷、写本之后，心里面就起了要重建莫高窟的想法。
可重建莫高窟，需要大笔的资金，这些钱从哪里来？
由于对伯希和有了好感，王道士在半推半就之下，让伯希和等人进入了藏经洞。
用了三周的时间，伯希和详细整理了藏经洞的经卷、写本和绘画，并从中选出了最有价值的经卷、绘画等文物。
计划重建莫高窟的王道人，最后同意以500两银子（约90英镑）的价钱把这些文物卖给了伯希和。伯希和从而获得了6600卷精品，其中古藏文2700卷，非藏文卷子3900卷，被打包装车。
因为斯坦因不懂中文，他带走的经卷、写本和绘画中有很多没有价值的东西，与之相反，通晓包括汉语在内的13国语言的伯希和选出的文物全都是绝品，其中也包括了新发现的唐代新罗僧人慧超所著的《往五天竺国传》。
1909年，伯希和让手下携带大量敦煌遗书运回巴里斯，自己仅带了一小部分辗转来到了京城，并认识了数位京城学者。
这些京城学者看到伯希和手中的这些敦煌遗书，都忍不住啧啧称奇。
当时有一人上前说：“伯君，如此精品，世所罕见。这些宝卷随你回国，再也见不到了，可否将这些经卷拍成照片，赠送给我们一份？”
本就做贼心虚的伯希和连忙答应，他劝京城学术界的这些人，敦煌石室中还有8000余卷遗书，应早日派人前往保护，以免被别人夺走。
得知敦煌文物大量流失，京城学术界大惊失色，立刻上书，要求清廷保护好这些敦煌文物。
宣统二年（1910），清廷学部获悉敦煌石室文物流散消息后，电令驻金城的陇右总督，让敦煌县县令调查清点藏经洞文献，不许卖给外人，并让陇右布政使押运送京，交京师图书馆收藏。
那时候，已经一心想要重修莫高窟的王道士，在官府来人之前，又私藏了若干经卷、写本和绘画。
同年前后，王道士将数十洞窟凿通，使各洞相通连，大量壁画遭破坏。他还修建“古汉桥”，以便利朝山拜佛者上下，又搬出各窟残塑，造“千相塔”，有廷学政撰文并雕刻《敦煌千佛洞千相塔》碑，以记其事。