大隋新占三地，自是不能放弃。尤其是黄明远数次上书，要移民实边，编户齐民，永葆其地。
三地之中，鄯善、且末各有王国，几无汉人，而且还有突厥阿史那摄在此，因此大隋虽然名义占据，实际上能够经营的只有伊吾。
若是要设立都护府，还稍有不妥，而且容易引起突厥和西域诸国的敌视，得不偿失。最后黄明远建议杨广可在伊吾设置一个新的总管府，统挟西北军事。等到时机成熟之后，再设置西域都护府。
杨广深以为然。乃下令在伊吾国故地设伊吾郡，鄯善国地设鄯善郡，且末国地设且末郡。三郡之上，设西州总管府，治新伊吾城，统辖三郡军事。
黄明远又建议三郡之中，只有伊吾郡能发挥作用，实力稍弱，不能抵挡西突厥。不若将敦煌郡以归西州总管府统辖，也能使其有稳定后方。
隋朝的玉门关是在现在甘肃省瓜州县以东，因此敦煌郡三县之中的敦煌、常乐（今甘肃瓜州县东南锁阳城）皆在关外，郡治更是在最西面，以敦煌郡属西州，并无不妥。
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杨广乃从之。
西州总管府的官员自然以此次西征将领为主。黄明辽授正三品金紫光禄大夫，迁西州总管府总管，领伊吾郡太守。伊吾之地，也没有什么民事，为了方便屯田，因此便以黄明辽兼之。
以李节授正四品正议大夫，为西州总管府长史；卫玄之子卫孝则为司马。
王威授左虎贲郎将；高震授从三品银青光禄大夫，为右虎贲郎将；尉迟恭、伏延旺荣分授从四品通议大夫，分任左、右虎牙郎将。
蒋允会授从五品朝散大夫，迁伊吾郡郡丞；
暴固授从四品通议大夫，迁伊吾郡郡尉；
蒙跃授从三品银青光禄大夫，迁且末郡郡尉领郡事；
秦琼授从四品通议大夫，迁鄯善郡郡尉领郡事；
二郡并无汉民，因此不设太守、郡丞，只以郡尉领之。
又命崔仁恕代为权敦煌郡太守；
黄明诚授从四品通议大夫，仍领郡尉事。
至此，整个西州之地，尽落入黄明远的手中。