永历元年三月清兵已攻陷平乐瞿式耜估计敌人必然要争夺桂林一面调度粮草一面把驻在黄沙镇的焦琏部队调回桂林为鼓舞士气瞿式耜甚至把自己俸银也凑上去犒赏将士。第二天上午清兵突然袭击桂林攻入文昌门瞿式耜沉着指挥依靠焦琏、白贵等部队奋勇厮杀清兵全面溃退。
永历二年二月联明抗清的原大顺军将领郝永忠（即郝摇旗）在灵川战役中受挫后退到桂林受到当地驻军的歧视发生兵变郝永忠纵兵大肆掠夺杀太常卿黄太元当时瞿式耜不在桂林瞿式耜的家也被抢掠家人拿出何腾蛟的令箭才混出城去。
三月初瞿式耜回城后料理善后事宜首先安定人心加强战备督师何腾蛟也带兵来保卫桂林再败清兵。
永历三年何腾蛟殉国后瞿式耜兼任督师陆续收复靖州、沅州、武冈等府县。无奈南明朝中上下争权夺利猜忌倾轧能征善战的广西本地部队又长期战斗得不到休整大大削弱了战斗力。
永历四年正月南雄被清兵攻破不久全州再度陷落严关失守前线溃退下来的官军竟然沿途掳掠秩序大乱驻城将领也不战而逃。
瞿式耜气愤到极点捶胸顿足说：“国家把高官厚禄养这些人现在竟这般行径可耻！可耻！”。
形势越来越坏十月初清军兵临城下时桂林军民已经四散而逃就连瞿府男女仆从也走散了他的侍从武官备马请他出城暂避劝他说：“大人是国家栋梁一身关系国家安危突围出去后还可号召四方爱国志士再干大事。二公子历经千难万苦正从常熟赶来看望大人只需暂避一下父子就能见面了。”
瞿式耜摆摆手说：“我是桂林留守我没有守好这个地方对不起国家还顾什么子女！”随后整整衣冠端坐在衙门里。
……
翰林院学士、广西总督张同敞是瞿式耜的学生见局势已无法挽回从灵川随溃兵逃回桂林听说城里人已走空只有瞿式耜没走。张同敞平时十分敬重瞿式耜立即只身泅水过江赶到留守衙门见瞿式耜说：“恩师形势这么危急你怎么办？”
瞿式耜说：“我是留守有责任守好这地方城存与存城亡与亡。今天为国家而死死得光明磊落你不是留守为什么不走？”
张同敞听后说：“恩师以前战败只要我不跑总有部队跟随我以图再起；而这次竟全部跑光再无一兵一卒敢于再战可见人心已然散尽了我不死还能做什么呢？要死就一起死！恩师你难道不允许我和你一起殉难吗？”
说完就在旁边椅子上坐下来和瞿式耜一起饮酒。
东方渐渐发白清兵冲进衙门要捆绑他们瞿式耜说：“我们不怕死坐等一夜了用不着捆绑。”遂和张同敞昂首阔步走出衙门。
孔有德一心想收降瞿式耜关押至今屡遭严词拒绝终于失去了耐心。
……
“别山这是我写的绝命词明天你托那位余将军想法带出去罢日后若是传至皇上耳中也算是老夫以明厥志了。”
瞿式耜把一张书稿隔窗递给张同敞目光深邃的道。
张同敞接过书稿朗声读到：
“从容待死与城亡千古忠臣自主张；三百年来恩泽久头丝犹带满天香！”
“恩师大义！”张同敞凛然道。
“别山你是快枪手也吟一首吧？这是你我最后唯一能够留给这个国家的了。”
“学生岂敢落后也已拟就一篇就请恩师最后为学生斧正一次吧。”